1、新型合作医疗基金由县、乡人民政府按照基金筹集标准，收缴办法等有关规定，统一筹集上缴县财政专户，由县新型合作医疗办公室统一管理，统一使用，任何单位和个人不得截留或挪用。
　　2、新型合作医疗管理办公室设立新型合作医疗基金专用帐户，专款专用，严禁借支、预支或挪作他用，不得从中提取管理费用。
　　3、严格遵守财务管理制度，门诊统筹基金，住院统筹基金和风险储备基金的使用由县新型合作医疗办公室主任审批。风险储备金的使用，必须经县新型合作医疗管理委员会集体讨论，并由县新型合作医疗管理委员会主任签字后方能使用，其他任何人无权动用。
　　4、新型合作医疗基金的补偿支付，由乡镇报帐员初审后，交乡镇新型合作医疗办公室审核，再由县新型合作医疗办公室审核按规定比例支付。
　　5、新型合作医疗基金的收支帐目要日清月结，做到收有凭，支有证，记帐凭证要装订成册，归档有序。